继制造业后，服务业将是台商向大陆投资的新热点。当前，大陆服务业占GDP的比例还不高，远低于发达国家70%的比例，未来大陆服务业有极大的发展空间。ECFA的实施有利于台湾服务业向大陆转移，尤其是台湾较有优势的金融服务业，可以抓住时机扩张大陆市场。
台湾金融业的优势在于国际化程度较高，有着丰富的金融技术和管理经验，而大陆金融业的优势在于资产规模大，市场空间广阔。两岸金融业应加强交流，构建信息交流平台和中小企业融资体系，共同致力于解决台资企业融资难题。而台湾为辅助中小企业的经营，除设有以服务中小企业为主的中小企业银行之外，还成立了中小企业信用保证基金，两岸在中小企业融资方面合作空间巨大。
2010年6月15日，国务院批示同意厦门经济特区发挥在体制机制创新方面的试验区作用，扩大金融改革试点，建立两岸区域性金融服务中心，先行试验一些金融领域重大改革措施。在2010年，厦台金融对接继续大步前进。富邦财产保险公司11月初开业，这是福建省首家法人产险机构，也是大陆第二家台资全资产险机构；台湾元富证券子公司——元富证券（香港）有限公司10月获批设立厦门代表处，成为落户厦门的第三家具有台资背景的证券代表处；国泰产险公司营销服务部10月底获批开业。
——产业升级整合塑造“两岸竞争力”
两岸建立制度化的合作机制后，双方具有比较优势的产业会获得更大市场，台湾劳动力密集型产业向大陆移动，附加值较高的高科技产业将得以更快地成长，进一步带动台湾的产业升级。
ECFA早期收获计划实施后，由于相关产品税收降低乃至零关税，生产成本将改变，加上两岸“三通”等要素，两岸产业分工将会出现新的格局，产生新的变化趋势，两岸产业合作深化发展的契机已经浮现。可降低两岸产业链中的加工制造成本，从而使两岸产业共同提升国际竞争力；还可发扬两岸比较优势，强化分工协作，有助于两岸共同创新区域经济一体化的模式。
目前大陆正在积极发展新能源、节能环保、生物医药、新材料、电动汽车、信息服务等新兴产业，而台湾则是推动将能源、生技、农业、医疗、观光、文化等列为重点发展新兴产业。两岸可在这些新兴产业的发展过程中，加强合作，制订共同标准，建立两岸品牌。
过去两岸更多地集中在大企业投资，现在从早期收获清单看，未来中小企业可以在台湾或者大陆发展更好，彼此之间可以整合。随着ECFA的逐步实施，两岸经贸合作将进入正常化、规范化新阶段，经济合作模式发生变化。过去两岸是台商在大陆投资，今后两岸合作将从过去简单的资本移动到要素整合：台湾的优势要素在资金、技术、管理和营销，大陆的优势在土地、资本、市场等等。ECFA还将带来两岸服务业的开放，不仅将为两岸企业发展提供更好的金融等现代服务业，同时广告设计、会展等文化产业合作，也将促使相关产业向上下游延伸，从制造向两端延伸，获得更大的盈利空间。
目前大陆已经成为台湾最大的贸易伙伴和出口市场，两岸之间在产业、资金、人才各个方面的互补性非常强。今后两岸企业可在产学研的密切合作、品牌的共同开发、国际营销的相互配合、产业标准的共同推动等方面深度推进。